Los avances tecnologícos realizados en los últimos años en secuenciación de ADN permiten hoy en día generar grandes cantidades de datos tanto sobre la estructura genética, como sobre el funcionamiento de practicamente todas las formas de vida. Esto ha permitido acelerar la investigación no solo en biología básica sino en campos tan variados como la medicina, la producción de alimentos y diferentes tipos de industrias. Sin embargo, debido a la cantidad y variedad de los datos que se analizan en estos estudios, se hace necesario el desarrollo de herramientas de software que permitan realizar análisis especializados para resolver preguntas de investigación específicas para diferentes aplicaciones. Mi trabajo en estos años ha estado enfocado al desarrollo de diferentes algoritmos y construcción de software para análisis de datos de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento (HTS). El producto principal de este trabajo es la herramienta de software libre llamada NGSEP (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
El objetivo del proyecto de tesis de pregrado es contribuir a NGSEP con la especificación diseño, desarrollo, pruebas y puesta en producción de un grupo de requerimientos de análisis de datos enmarcado dentro de (pero no restringido a) alguno de los siguientes temas:
De manera alternativa, también busco un estudiante que contribuya a mejorar la visualización de datos de secuenciación dentro de nuestra interfaz gráfica.
A ser discutido con el asesor. Disponibilidad para dos estudiantes.
ja.duitama